La Estación de Cría del Cerro Pan de Azúcar, a cargo de la Dirección de Gestión Ambiental de la IDM, sostiene convenios activos con distintas instituciones científicas y educativas, como la Facultad de Veterinaria de UDELAR, el Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable, Ministerio de Ambiente, Polo Educativo Tecnológico Arrayanes de UTU; además de otros en proceso.
Facultad de Veterinaria (FVet)
Los aportes de la FVet han sido permanentes y numerosos, brindando conocimiento científico en trabajos enfocados en Bienestar Animal. Estudios en ejemplares como Yaguaratés (panthera onca), Pecaríes de Collar (Dicotyles tajacu), Pumas (Puma concolor), entre otras especies prioritarias para la conservación, han brindado soluciones de salud adversas permitiendo alcanzar estadosde bienestar reconocidos internacionalmente.
Instituto de Investigaciones Celemente Estable (IIBCE)
El convenio con el IIBCE aporta investigaciones, conocimientos científicos y trabajos técnicos. El nacimiento de Clemente Tabaré, primer Venado de Campo (Ozotoceros bezoarticus, especie protegida por Ley 20.225) nacido por inseminación artificial en el mundo, es fruto de este trabajo conjunto. La institución aportó científicos nacionales e internacionales, fondos y materiales a la ECFA. Este vínculo ha generado conocimiento único a nivel mundial y gran prestigio insitucional.
Polo Tecnológico UTU Arrayanes
Ese convenido permite prácticas de campo a estudiantes de Guardaparques y Técnicos en Gestión y Conservación de Áreas Naturales. La Reserva brinda el espacio y materia prima, donde los estudiantes, junto a docentes, realizan investigaciones, mantenimiento y educación ambiental, beneficiando a ambas instituciones.
Museo Nacional de Historia Natural (MNHN)
El convenio en ejecución con el MNHN mantiene actualmente una muestra de piezas óseas de especies nativas, existentes y extintas. Estas muestras, que pueden variar según la época, atraen a visitantes interesados en especies ya extintas o no presentes en la Reserva, enriqueciendo la propuesta educativa y dando mayor visibilidad al Museo y a la Estación.
Facultad de Ciencias
Se han desarrollado trabajos conjuntos con esta Facultad, donde se han realizado monitoreos, chequeos y aportes técnicos con especies como Pecaríes y felinos silvestres en áreas como etologíae infectología.
Ministerio de Ambiente (M.A)
La Dirección Nacional de Biodiversidad y Servicios Ecosistémicos del M.A designó a la ECFA como Centro de Tenencias de Fauna Autóctona (CETEFAS) de la región para el manejo de fauna incautada or tráfico ilegal. Además de otorgar los permisos para transporte de fauna y protocolo vigente.