La conservación y el cuidado de la fauna autóctona forman parte de los objetivos principales de la ECFA, junto con la educación y la investigación científica.
Recientemente se registraron varios nacimientos de pecarí de collar (Pecari tajacu), una especie que se encuentra muy amenazada a nivel nacional, reforzando el compromiso de la institución con la protección de la fauna nativa.
A su vez se produjo el nacimiento de una numerosa camada de coatíes (Nasua nasua), especie que habita de forma silvestre en el cerro y que recibe seguimiento y apoyo alimentario por parte del equipo de la reserva, al igual que el resto de los animales que allí se encuentran.
Por otra parte, se espera próximamente el nacimiento de charabones, crías de ñandú (Rhea americana), ya que los ejemplares adultos se encuentran desde hace tiempo en período de incubación de los huevos.
Cabe destacar que ECFA alberga el rebaño más grande del mundo de la especie encautiverio venado de campo (Ozotoceros bezoarticus); prioritaria para la conservación, declarada Monumento Natural y protegida por la Ley N.º 20.225. lo que representa un aporte fundamental para su preservación.
Los resultados obtenidos reflejan el trabajo constante y al cuidado especializado del equipo técnico veterinario, encabezado por el Dr. Hugo Arellano en coordinación con la Dirección a cargo de la Brenda Bon.