El 29 de octubre de 1806 la Royal Navy fondeó en la bahía de Maldonado y desembarcó tropas que asaltaron, saquearon y ocuparon la ciudad de San Fernando de Maldonado.

En los primeros días de noviembre los ingleses iniciaron acciones de búsqueda de suministros en la periferia de Maldonado. 

San Carlos se convirtió en escenario de uno de los episodios más importantes de la resistencia a las Invasiones Inglesas. Tras la ocupación de Maldonado, numerosas familias fernandinas buscaron refugio en la villa, mientras las fuerzas españolas en Montevideo se reorganizaban para enfrentar al invasor. 

El 7 de noviembre, una columna británica de unos 300 hombres ocupó posiciones en la Loma de Ortiz, al suroeste de San Carlos. Allí se libró el combate de San Carlos o combate de la Loma de Ortiz. 

Desde el este, llegó una columna formada por unos 400 jinetes españoles y milicianos al mando del teniente de fragata Agustín Abreu. Estaba formada por compañías veteranas del Regimiento de Dragones de Buenos Aires, apoyadas por tropas milicianas del Regimiento de Voluntarios de Montevideo y del Regimiento de Voluntarios de Córdoba. Al aproximarse, Abreu atacó frontalmente al destacamento británico.

Los británicos formaron un sólido cuadro de infantería, apoyado por artillería, y rechazaron la carga. Abreu resultó mortalmente herido en el choque con la caballería inglesa del ala izquierda. Falleció tres días después.

El combate terminó con una victoria táctica británica, que conservó la posición y obligó a las fuerzas españolas a retirarse. Sin embargo, los británicos abandonaron San Carlos y se replegaron hacia Maldonado. 

Aunque el combate de la Loma de Ortiz no modificó el dominio militar inmediato de los invasores, demostró las dificultades de Gran Bretaña para consolidar su ocupación y se convirtió en un episodio significativo de la resistencia local. Finalmente, los británicos se retiraron del territorio en enero de 1807. Embarcaron para dirigirse a invadir la ciudad fortificada de Montevideo.

El 29 de octubre de 1806, la Royal Navy fondeó en la bahía de Maldonado y desembarcó tropas que asaltaron, saquearon y ocuparon la ciudad de San Fernando de Maldonado.

En los primeros días de noviembre, los ingleses iniciaron acciones de búsqueda de suministros en el interior rural, hasta que se enfrentaron con un destacamento de caballería español en el combate de la Loma de Ortiz, el 7 de noviembre.

La resistencia española se reorganizó en el territorio interior. La zona de Pan de Azúcar se convirtió en uno de sus principales centros de operaciones.

El teniente coronel José Moreno estableció allí su cuartel general, aprovechando la posición estratégica del lugar, entre las serranías y próxima a cursos de agua. Se instaló un campamento desde el cual se organizaron partidas de caballería destinadas a vigilar y hostigar a las fuerzas británicas. Estas partidas estaban integradas por tropas veteranas, voluntarios, blandengues y milicias. Su misión era impedir que los invasores obtuvieran caballos, ganado y otros recursos necesarios para sostener la ocupación. En el paraje de Pan de Azúcar también funcionó un hospital militar, destinado a atender a los heridos de las fuerzas que combatían a los británicos.

Durante diciembre, unos 600 hombres se concentraron en este sector y se enviaron partidas montadas hacia la periferia rural de Maldonado. Al mando de destacados líderes, como el teniente de milicias Paulino Pimienta, hacendado de Pan de Azúcar, realizaron acciones de hostigamiento contra las columnas de suministro británicas. Se emplearon tácticas de guerra de guerrillas, que constituyeron un antecedente temprano de las formas de lucha que caracterizarían las futuras guerras de independencia.

Desde allí se consolidó un bloqueo terrestre que limitó el dominio británico prácticamente a Maldonado y Punta del Este, dificultando su avance hacia el interior, hasta su retirada en enero de 1807 para embarcarse e iniciar la invasión de Montevideo.

El 29 de octubre de 1806 la Royal Navy fondeó en la bahía de Maldonado y desembarcó tropas que asaltaron, saquearon y ocuparon la ciudad de San Fernando de Maldonado.

En los primeros días de noviembre los ingleses iniciaron acciones de búsqueda de suministros en San Carlos y en sus proximidades; hasta que se enfrentaron con un destacamento de caballería español en el combate de la Loma de Ortiz (7 de noviembre).

Mientras San Carlos vivía bajo la amenaza de la invasión británica, el padre Manuel de Amenedo permaneció junto a los pocos vecinos que decidieron no abandonar la villa en estos complejos días. Cuando las tropas inglesas ingresaron el 2 de noviembre, Amenedo actuó como mediador y logró evitar que San Carlos fuera saqueada.

Tras el combate de la Loma de Ortiz, la iglesia y su entorno adquirieron un nuevo papel. El sacerdote asistió a los heridos, administró los últimos sacramentos a los combatientes y participó en el entierro de los caídos. También protegió los libros parroquiales de Maldonado que habían sido evacuados durante la ocupación.

La iglesia de San Carlos conserva así la memoria de una comunidad que, en medio de la guerra, encontró en ella un espacio de refugio, asistencia y protección.